Главниот јунак на историјата на Темниот нинџа беше обучен во училиштето на црвениот нинџа. Тој веќе научил многу, но не бил целосно задоволен од идеологијата што ја тврделе мајсторите. Таа беше заклана од страна на учениците глави, принудувајќи ги да ги почитуваат наредбите без прашање. Нашиот нинџа се покажа како слободна и независна, а тоа го принуди да го напушти училиштето. Тој стана отпадник и ја смени облеката од црвено до црно. Од тој момент сите негови поранешни соученици станаа непријатели. Никој никогаш не го напуштил училиштето на тој начин, па затоа решиле да го уништат црниот нинџа. Помогне на јунакот да излезе, да се бори со ривалите и да собира амулети на јин / јанг. Контрола: стрелките - потег, А - напад.
