Откако пеколните порти веќе успеале да заклучат, но злите духови не оставиле надеж за повторно да се ослободат и успеале по многу години. Овој пат тие отвори портал на Марс во надеж дека луѓето не можат веднаш да го најдат. Но, Марс веќе бил колонизиран, бројни биолошки лаборатории се населиле на неа, а голем број научници работеле, сите од нив биле подложени на суров напад на чудовишта. Вашиот убедлив тим мора да ги уништи чудовиштата во Doom 3, а вие не мора да преземете искуство. Оди на црвената планета и бидете внимателни, чудовишта станаа попаметни и посилни.
