Храбар самурај по име Кјото живее во светот на пиксели. Денес, нашиот херој мора да патува во оддалечените области на неговата земја и да се бори со разни криминалци таму. Вие во играта Пиксел Самурај ќе му помогнете во ова. Вашиот самурај ќе биде видлив на екранот пред вас, кој се наоѓа во одредена област. Користејќи ги контролните копчиња, ќе го натерате да трча напред. Внимателно погледнете го екранот. На патот на вашиот херој ќе се појават разни видови на пречки и дупки во земјата. Кога вашиот карактер е на одредено растојание од оваа опасна област, ќе мора да го натерате да скокне. Така, вашиот херој ќе лета низ воздухот преку оваа опасност и ќе може да го продолжи патот.
