Во играта Atom War ќе одите во светот каде што живеат најмалите честички, кои ние ги нарекуваме атоми. На овој свет започна војна и вие ќе учествувате во неа. Ќе го видите вашиот црвен атом на екранот пред вас. Ќе има одредена големина и околу него ќе биде видливо мало поле на сила. Околу вашиот атом, други честички ќе почнат да се појавуваат со сина боја. Ќе мора внимателно да ги испитате и да ги пронајдете оние што се помали од вашиот карактер по големина. Ова значи дека овие честички се послаби од вашиот атом. Ќе мора да ги бркате, а потоа да нападнете. Со уништување на синиот атом, ќе добивате поени, а вашиот карактер ќе стане поголем и посилен.