Апокалипсата може да се случи од различни причини, во играта Apocalypse Run ќе му помогнете на херојот кој беше во центарот на апокалипсата што се појави како резултат на востанието на машините. Вештачката интелигенција, чија појава беше толку очекувана и толку восхитувана поради нејзиниот брз развој, одлучи дека сега не и требаат луѓе. Згора на тоа, тие се дури и штетни, бидејќи прават сè погрешно, често се однесуваат нерационално, ја уништуваат околината и го убиваат својот вид. Во умот на машината се формира силно верување дека човекот е главното зло на планетата и дека мора да биде уништен. Така започна систематското уништување на човештвото, а херојот на Apocalypse Run сака да го избегне ова и вие ќе му помогнете да се бори со роботите.
