Во Матрикс беа создадени неколку прототипови, а еден од нив, со број 09435, се покажа како најуспешен. Ова е дигитално момче кое брзо почна да се развива на неверојатен начин и наскоро сакаше да го истражува надворешниот свет. Тој најде начин да ја напушти матрицата и отиде на пат кон прототип Гај. Креаторите одлучија да не се мешаат со момчето, тие бараат од вас да му помогнете да се прилагоди, надминувајќи ги пречките. Неопходно е да се прескокнат остри шила и квадратни роботи. Патем, роботите можат да бидат уништени со скокање директно врз нив. Ако пречката не се надмине, херојот ќе започне одново во Prototype Guy.
