Нинџата штотуку се вратил од планинарење и решил да го посети родниот манастир, каде што студирал и неговиот омилен учител, кој му дал огромно знаење и го научил како да ги контролира телото и духот. Ги затекна монасите во очај и голема фрустрација. Еден ден претходно, црвениот самурај го нападнал манастирот и украл колекција од антички камења со руни. Станува збор за свети камења кои со векови се чувале во манастирот. Нашиот херој се заколна дека ќе врати сè што е украдено и веднаш тргна на своето патување. Помогнете му на херојот во Ninja Run да ја исполни својата света мисија. Нинџата ќе трча, а вие ќе му помогнете навреме да прескокне пречки и над непријателите, собирајќи камења.
