Мафијата во Јапонија се нарекува Јакуза и е многу сериозна криминална организација која работи надвор од законот според сопствени правила. Ако и треба нешто, таа го зема, без разлика на животите и потребите на оние кои им стојат на патот. Самурај против Јакуза ве запознава со самурај кој сака да го спаси своето село. На бандитите им се допаднала поради античкиот храм кој се наоѓа на нејзина територија. Во овој храм има неколку вредни фигурини, кои поглаварот на Јакуза сакал да ги поседува. Нашиот херој застана на патот на цела мафијашка армија и, со ваша помош, ќе го одбие нападот на разбојниците во црна облека во Самурај против Јакуза.
