Нинџите се појавија во средновековна Јапонија и служеа како шпиони, извидници и разузнавачки саботери. Носеле темна облека, ги покривале лицата и главно оперирале ноќе, движејќи се немо и извршувајќи ги зададените задачи. Сите нинџи ја совладале уметноста на нинџутсу. Во суштина, нинџите се тип на воин кој се користи во специјални операции, како јапонските специјални сили. На херојот на играта Ninja Speed Runner му е доверена тајна мисија, па затоа брзо се движи. Шурикените летаат кон него, од кои тој мора да избегне, а вие ќе му помогнете во тоа, принудувајќи го херојот да скокне или да се забие во Ninja Speed Runner.
