До сега, Марио мораше да се справи само со зли печурки, полжави и други потчинети на неговиот вечен непријател Баузер. Но, ова се само цвеќиња во споредба со она што го чека во Супер Марио командант. Подмолен напад од вселената неочекувано беше извршен врз Светот на Марио. Страшни и злобни суштества, вооружени до заби, направија хаос во некогаш мирното кралство. Марио ќе мора да земе сериозно оружје и да игра улога на супер херој. И за да успее, помогни му на водоводџијата да совлада нова улога за себе. Неопходно е да ги исчистите платформите од вселенските пирати и да го вратите светот повторно на земјата во Super Mario Commander.
